Wissenschaftlichen Mitarbeiterin (m/w/d) für die Dauer von 3 Jahren

Wir suchen zum nächstmöglichen Zeitpunkt befristet in Vollzeit (39,83 Std./Woche = 100 %) eine*n

Wissenschaftlichen Mitarbeiterin (m/w/d) für die Dauer von 3 Jahren

In der Abteilung für Medizinische Mikrobiologie ist das Nationale Referenzzentrum für gramnegative Krankenhauserreger angesiedelt. In dieser Funktion befassen wir uns mit der deutschlandweiten Surveillance von multiresistenten gramnegativen Bakterienstämmen, mit dem Fokus auf die zunehmende Verbreitung von Carbapenemasen. Hierzu kommen auch umfassende Ganzgenomsequenzierungen mittels Illumina- und Oxford Nanopore-Technologien zum Einsatz. Die Arbeitsgruppe befasst sich des weiteren mit der biochemischen, genetischen und molekularen Charakterisierung von Antibiotikaresistenzmechanismen, insbesondere im Kontext der Carbapenemresistenz.
Umfang: Vollzeit
Dauer: befristet, 3 Jahre
Beginn: zum nächstmöglichen Zeitpunkt
Bewerben bis: 14.07.2025

Ihre Aufgaben

• Vorbereitende Tätigkeiten für Ganzgenomsequenzierungen (z. B. wissenschaftlich begründete Stammauswahl, Planung der Sequenzierläufe)
• Koordination der Sequenzierungen mit Illumina oder Oxford Nanopore
• Bioinformatische Auswertung der Sequenzierergebnisse für epidemiologische Fragestellungen (z. B. mit cgMLST, SNP-Ansatz, SKA).
• Aufarbeitung der Sequenzdaten und Anfertigung von Publikationen.
• Mitarbeit in der studentischen Lehre.

Ihr Profil

• Sehr gut abgeschlossenes naturwissenschaftliches Studium (Biologie/Bioinformatik) und Promotion.
• Sehr gute Deutsch- und Englischkenntnisse in Wort und Schrift.
• Erfahrungen mit der Durchführung von DNA-Sequenzierungen mittels Illumina und/oder Oxford Nanopore einschließlich der vorbereitenden Techniken (z.B. Library-Präparation) sowie der bioinformatischen Auswertung der erhaltenen Sequenzen (Assembly, cgMLST, SNP-Analysn) sind eine Voraussetzung.
• Mikro- und molekularbiologische Kenntnisse sind erwünscht.
• Erfahrungen im Umgang mit Ridom SeqSphere+ sind von Vorteil.
• Kenntnisse in der Resistenztestung von Bakterienisolaten nach EUCAST sind von Vorteil.